Маткаримов (Matkarimov), Б.Т. (Bakhyt)Балабаев (Balabaev), Н.К.(N.K.)Гарбузинский (Garbuzinskiy), С.А. ( S.A.)Галзитская (Galzitskaya), О.В. (O.V.)Глякина (Glyakina), А.В. (A.V.)Финкельштейн ( Finkelstein), А.В. (A.V.)Маткаримов (Matkarimov), Б.Т. (B.Т.)2016-07-152016-07-152015Балабаев Н.К., Гарбузинский С.А., Галзитская О.В., Глякина А.В., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В. (2015). Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам. Математическая биология и биоинформатика.Т. 10. № 2. С. 427–435. doi: 10.17537/2015.10.427http://nur.nu.edu.kz/handle/123456789/1678Выведены формулы для расчета потенциалов и сил в новом силовом поле невалентных взаимодействий, включающем, наряду с традиционными членами, наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю АМБЕР. Проведены молекулярно-динамические расчеты с использованием обновленного силового поля. Показано, что добавленные, физически разумные члены не сильно замедляют молекулярно-динамическое моделирование, несмотря на то, что они учитывают важнейшие трехчастичные взаимодействия. Formulas for calculation of energy and forces in the new force field of non bonded interactions including along with traditional members, the polarization, induced by partial atomic charges, and three-particle dispersive interactions of the atoms with covalent bonds are received. The corresponding new members are added to a standard AMBER force field. Molecular dynamics calculations with the use of the updated force field are carried out. It is shown that additional physically reasonable members, taking into account the major three-particle interactions, not strongly slow down molecular dynamics simulation.enAttribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 United Statesневалентные атом-атомные взаимодействиятрехчастичные взаимодействияполяризуемостьпарциальные зарядывзаимодействие «атом- ковалентная связь»non-bonded atom-atom interactionsthree-particle interactionspolarizabilitypartial chargesinteraction of atoms with covalent bondsResearch Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Theoretical chemistry::BioinformaticsArticle